在种植铁皮石斛期间，铁皮石斛也有可能发生病害现象，像最常见的有软腐病、黑斑病等病害。软腐病发病较快，如果情况严重可能会导致种苗腐烂甚至死亡，黑斑病主要是会危害铁皮石斛的叶片，导致叶子枯萎；铁皮石斛的虫害现象，最常见的是蜗牛，菲盾蚧等，它们的出现都会影响到铁皮石斛的正常生长，所以一旦发现出现病害或者虫害现象，应该及时处理，避免情况严重影响铁皮石斛的生长。

石斛黑斑病，此病一般在3、4、5月期间发生，对石斛叶片危害极大，全叶枯黑。可以用25%多菌灵千倍液（即25%多菌灵稀释按1:1000与水调配），喷洒在叶面除害。

石斛软腐病，该病在夏季高温高湿环境中最易法神个，病原有真菌也有细菌。病原菌多从伤口处侵染植株，最初发病部位多为茎的基部或根部，受害处开始为暗绿色水浸状，然后呈黄褐色软化腐烂，发病一段时间后植株开始萎蔫死亡。发病后可喷施托布津、农用链霉素等药剂防止病情蔓延。

石斛炭疽病，此病对石斛茎秆和叶片危害较大，茎、叶将呈褐色或出现黑斑。可以用25%多菌灵千倍液或50%甲基托布津千倍液在发病初期喷洒，连续2—3次。

蜗牛，蜗牛比较常见，经常吃石斛的叶、茎、蕾和果，可以用黄瓜切片在蜗牛经常活动的地方进行诱捕。

石斛菲盾蚧，寄生在石斛叶面或背面吃食汁液，尤其注意它的盛行期是在5月下旬。病害较轻的话，可以剪除病害茎叶集中烧毁或者捻死。